Q:这种直接PCR试剂盒,扩增产物可以做哪些实验
A:PCR的产物可以通过琼脂糖凝胶电泳和EB染色进行分析,进行下游的常规操作,例如限制性酶切、DNA测序、dHPLC分析等
Q:适用哪些样本
A:转基因食品
Q:样品处理需要多久
A:5-20min内完成模板制备
Q:操作流程、实验步骤等与常规检测方法有多少区别
A:除了无需进行DNA抽提,其他手段兼容。
Q:抽提DNA后是否需对抽提液做其他处理
A:提取的DNA可以马上用于PCR反映,不需要去除其他蛋白、RNA或者次生代谢产物
Q:样品预处理
A:食品呈现液态、油态、粉状和颗粒或块状,未加工或深加工过,处理方法也因此有所不同。未经加工的食品原料预处理相对简单,深加工的食品杂质多,DNA普遍降解,要尽量通过洗涤步骤把杂质去除。
1、液态或浆状:
以酱油为例,取10ml酱油,加入20ml的-20℃预冷的无水乙醇,混匀后静置5min,12000g离心5min。弃上清,加入10-20倍体积的50mM Tris(PH 8.0-9.0)(自配),漩涡震荡30s,充分悬浮后,12000g离心5min。弃上清,对样品裂解处理,方法见样品裂解处理步骤。
注意:尽量通过50mM Tris充分洗去盐分和色素,如有必要洗涤两次。
其他样品如豆浆,可以省略加入无水酒精的沉淀步骤。
加入裂解液后,充分研磨可以明显增加DNA的释放。
2、油态:
各种食用油中,由于加入方式不同,DNA含量差别加大,以压榨法生产的油为例,通过高速离心(15000g,10min),100ml油可以得到0.5-1g左右的沉淀,加入20倍体积的50mM Tris(PH 8.0-9.0),漩涡震荡30s,充分悬浮后,12000g离心5min。弃上清,对样品裂解处理,方法见样品裂解处理步骤。
注意:加入裂解液后,充分研磨可以明显增加DNA的释放。
3、粉状:
以小麦粉为例,直接加入固体5-10倍体积的裂解液A(20-50ul),混合后70℃温育10min,然后加入等体积的B液(20-50ul),取含有转基因DNA的裂解液加入PCR反应体系作为模板。
4、颗粒或块状:
以大豆为例,先捣碎样品,加入裂解液A,研磨至粉糊,然后对样品裂解处理,方法见样品裂解处理步骤。
Q:样品裂解处理步骤
A:1、加入5-10倍固体成分体积的裂解液A(20-50ul),70℃处理10min,然后加入等体积的B液(20-50ul),混合后取含有转基因DNA的裂解液加入PCR反应体系作为模板,剩余样品可以在-20℃储存;
2、裂解液食品样本来源复杂,预处理方法因样本而异,部分难处理样品请垂询
Q:反应体系
A:以40ul体系示例(20-50ul/reaction),在微量离心管中加入以下各种成分
样品裂解液 | 1-2.5ul |
聚合酶 | 1-2ul |
5*PCR Buffer | 8ul |
dNTP(10mM) | 0.8ul |
Primers | 1-2ul(0.25-1uM终浓度) |
ddH2O | UP to 40ul |
Q:如何确定PCR模板量
A:食品样品来源、形态和加工方法的不同,造成处理完的裂解液成分和模板数目千差万别。多数情况下,上述方法处理完的样品,取1ul(4%总反应体积)作为PCR模板即可;第一次试验,建议采用梯度的方法确定最佳处理液和PCR的模板加样量。
Q:PCR反应参数设置
A:依据扩增产物而定,以1kb的扩增产物为例:94℃ 4min,35 cycles(94℃ 30 sec,55℃ 30 sec,72℃ 1 min),72℃ 5 min,4℃ 保温。
Q:片段大小<1kb
A:扩增1kb以下片段,30 sec延伸即可;可用两步扩增法(引物长度22-25bp,68℃退火延伸)
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