Q:这种直接PCR试剂盒,扩增产物可以做哪些实验
A:PCR的产物可以通过琼脂糖凝胶电泳和EB染色进行分析,进行下游的常规操作,例如限制性酶切、DNA测序、dHPLC分析等
Q:适用哪些样本
A:嫩叶片组织、植物叶片、种子等
Q:样品处理需要多久
A:10min内完成模板制备
Q:操作流程、实验步骤等与常规检测方法有多少区别
A:除了无需进行DNA抽提,其他手段兼容。
Q:样品如何处理
A:用枪头戳取少量嫩叶片直接PCR,或者把微量的样品(例如剪切成3mm的叶片)加入40ul裂解液A中,75℃煮10min,再添加40ul裂解液B混匀。取1-2.5ul(2-5%总反应体积)含有植物DNA的裂解液加入PCR反应体系作为模板
Q:样品处理后如何保存
A:可-20°储存
Q:反应体系
A:以40ul体系示例(20-50ul/reaction),在微量离心管中加入以下各种成分
植物样品裂解液 | 1-2.5ul |
聚合酶 | 1-2ul |
5*PCR Buffer | 8ul |
dNTP(10mM) | 0.8ul |
Primers | 1-2ul(0.25-1uM终浓度) |
ddH2O | UP to 40ul |
Q:我的样本是嫩叶片如何预处理
A:对于新鲜嫩叶片(例如拟南芥或者多数双子叶植物的新鲜嫩叶片),可以不需预处理,用枪头戳取嫩叶片直接加入PCR反应体系反应
Q:我的样品较难处理,DNA不易抽提
A:部分难处理样品,可以加入裂解液后碾磨,再煮沸处理
Q:我的样品为新鲜的植物汁液,是否需要预处理
A:豆浆、植物果汁或者新鲜植物汁液可以直接PCR
Q:PCR反应模板
A:需要足够的模板(100个以上拷贝)
Q:裂解液使用量是否有要求
A:聚合酶可以耐受最高10%(V/V)的裂解液,过量裂解液会对PCR反应产生抑制并对下游产物分析产生不利影响,大多数情况加入2-5%(V/V)植物裂解液可以完成PCR反应
Q:如何确认加入模板的最佳范围
A:初次实验,建议加入1%、2.5%和5%(V/V)植物裂解液或者植物汁液
Q:dNTP不稳定
A:dNTP容易失效,反应为阴性时,建议增加dNTP用量,或者更换新鲜制备的dNTP
Q:PCR反应参数设置
A:依据扩增产物而定,以2kb的扩增产物为例:94℃ 4min,35 cycles(94℃ 30 sec,55℃ 30 sec,72℃ 1 min),72℃ 5 min,4℃ soak。
Q:片段大小<1kb
A:扩增1kb以下片段,30 sec延伸即可;可用两步扩增法(引物长度22-25bp,68℃退火延伸)
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