Q:一管式RT-PCR与传统两步法区别
A:7Sea-One Tube RT-PCR(一管式RT-PCR)区别于传统的两步法(逆转录和PCR扩增分两步完成),RNA模板逆转录和cDNA扩增在一个管内完成,大大降低了污染风险、缩短了分析时间并且提高了反应的重复性。
Q:扩增产物可以做哪些实验
A:产物可以通过琼脂糖凝胶电泳和EB染色进行分析,进行下游的常规操作,例如限制性酶切、连接、DNA测序、dHPLC分析;或者采用定量PCR仪进行qRT-PCR进行在线分析。
Q:试剂盒可以应用哪些领域
A:1、cDNA克隆(平端连接、限制性酶切、琼脂糖凝胶电泳/EB染色、荧光毛细管电泳、DNA测序等);2、特别适合RNA的qRT-PCR分析;3、RNA病毒或者RNA样品的定量分析
Q:保真性如何
A:DNA聚合酶选用热启动KOD,保真性比taq高20倍以上(产物适合平端连接)
Q:反应体系
A:以10ul体系为例,在微量离心管中加入以下各种成分
反应组分 | 体积 |
聚合酶 | 0.2ul |
2*PCR Buffer | 5ul |
RNA | 0.5-2ul(1pg-100ng) |
Primers | 0.5-2ul(各0.4uM) |
ddH2O | UP to 10ul |
Q:灭菌
A:实验中尽可能使用一次性的灭菌塑料制品,玻璃容器应用0.1% DEPC在37℃处理过夜,并且高压灭菌处理,所有的水应该用0.1% DEPC 37℃处理过夜并灭菌
Q:引物用量
A:建议引物用量为终浓度0.2-0.6uM
Q:初次实验,如何设置RNA模板梯度
A:例如100ng、10ng、1ng、0.1ng、0.02ng总RNA
Q:阳性对照
A:建议每组反应用内参基因做阳性对照质控
Q:反应为阴性
A:dNTP容易失效,反应为阴性时,建议另外添加0.4mM dNTP
Q:Rnase inhibitor
A:RI可以有效防止RNA降解,并大大提高反应的重复性,建议加入终浓度0.5-1U/ul的RI,特别是微量RNA样本分析,加入RI的效果非常明显
Q:PCR反应循环示例
A:典型的一步法RT-PCR,包括第一阶段的逆转录反应程序设置和第二阶段的PCR扩增反应,例如(该例子为扩增400bp片段)
45℃,15min | 1cycle |
98℃,5min | 1cycle |
98℃,15sec | 40 cycles |
55℃,20sec | |
68℃,20sec | |
68℃,3min | 1cycle |
4℃,保温 | 1cycle |
Q:长片段
A:扩增长片段可适当延长逆转录时间(15-25min)和DNA延伸时间(1kb/min)
Q:延伸温度
A:延伸温度可以设定为52-72℃间,选用68℃延伸温度,可以较好发挥KOD活性
Q:扩增低丰度模板
A:建议用45个循环
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